La función más comúnmente citada de las células madre es su capacidad para diferenciarse en diferentes tejidos, pero también tienen otras capacidades que pueden ser muy beneficiosas para la curación. Las células madre producen más de 30 tipos de factores de crecimiento y sustancias químicas tisulares que estimulan la cicatrización. Las células madre ayudan a reclutar otras células madre locales y sistémicas para concentrarse en reparar el tejido dañado. También son activos en la modulación inmunológica para promover o suprimir la función de las células T.

Las células madre se activan para moverse hacia un área por señales del tejido basadas en cambios químicos, neuronales y mecánicos. La hipoxia, que es la falta de oxígeno, y la inflamación son fuertes desencadenantes de las células madre para atacar una lesión, aunque las células madre representan menos de la mitad del nuevo tejido formado. El resto de la reparación se realiza mediante otras células reclutadas y gestionadas por las células madre iniciales. Ésta es la razón por la que se utilizan inyecciones muy pequeñas de células madre.

En condiciones ideales, las células madre responderían a las lesiones y se produciría la curación. Los factores que afectan la respuesta de las células madre incluyen la edad, el estado físico y el nivel de radicales libres en el cuerpo. Los radicales libres dañan todas las células, incluidas las células madre.